২য় স্কোর - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

২য় স্কোর - প্রতিটি পজিশনে নোঙর করা সেরা হেয়ারপিন খুঁজুন।

সাইনোপিসিস

2ndscore in.fasta > out.hairpins

বর্ণনাঃ

অনুক্রমের প্রতিটি অবস্থানের জন্য এটি একটি লাইন আউটপুট করবে:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(স্কোর) (শুরু .. শেষ) (বাম প্রসঙ্গ) (হেয়ারপিন) (ডান প্রসঙ্গ)

সিকোয়েন্সের শেষের কাছাকাছি অবস্থানের জন্য, প্রসঙ্গটি 'x' দিয়ে প্যাড করা যেতে পারে
চরিত্র. যদি কোন চুলের পিন পাওয়া না যায়, তাহলে স্কোর হবে 'কোনটি নয়'।

একাধিক ফাস্তা ফাইল দেওয়া যেতে পারে এবং প্রতিটি ফাস্তা ফাইলে একাধিক সিকোয়েন্স থাকতে পারে। দ্য
প্রতিটি সিকোয়েন্সের আউটপুট '>' দিয়ে শুরু হওয়া একটি লাইন দ্বারা আলাদা করা হবে এবং এতে রয়েছে
অনুক্রমের FASTA বর্ণনা।

কারণ প্লাস-স্ট্র্যান্ড এবং মাইনাস-স্ট্র্যান্ডের হেয়ারপিনের স্কোর আলাদা হতে পারে (GU এর কারণে
RNA-তে বাইন্ডিং), ডিফল্টভাবে 2ndscore প্রতিটি সিকোয়েন্সের জন্য দুই সেট হেয়ারপিন আউটপুট করে:
ফরওয়ার্ড হেয়ারপিন এবং রিভার্স হেয়ারপিন। সমস্ত এগিয়ে hairpins আউটপুট প্রথম, এবং
তাদের পূর্ববর্তী '>' লাইনের শেষে 'FORWARD' শব্দটি দিয়ে চিহ্নিত করা হয়।
একইভাবে, রিভার্স হেয়ারপিনগুলি '>' লাইনের পরে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে যার শেষ 'রিভার্স'। আপনি যদি
শুধুমাত্র এক বা অন্য স্ট্র্যান্ড অনুসন্ধান করতে চান, আপনি ব্যবহার করতে পারেন:

--no-fwd ফরওয়ার্ড হেয়ারপিন প্রিন্ট করবেন না
--no-rvs রিভার্স হেয়ারপিন প্রিন্ট করবেন না

আপনি ব্যবহৃত শক্তি ফাংশন সেট করতে পারেন, ঠিক যেমন --gc, --au, --gu, এর সাথে ট্রান্সটার্মের সাথে
--মিমি, --গ্যাপ অপশন। --মিন-লুপ, --ম্যাক্স-লুপ, এবং --ম্যাক্স-লেন বিকল্পগুলিও সমর্থিত।

বিন্যাসে OF দ্য .থলে নথি পত্র
.bag ফাইলের কলামগুলি হল:

1. জিন_নাম
2. টার্মিনেটর_স্টার্ট
3. টার্মিনেটর_এন্ড
4. হেয়ারপিন_স্কোর
5. টেল_স্কোর
6. টার্মিনেটর_সিকোয়েন্স

7. টার্মিনেটর_আত্মবিশ্বাস: হেয়ারপিন এবং টেল স্কোরের সংমিশ্রণ যা
এলোমেলো ক্রমানুসারে এই ধরনের স্কোর কতটা সম্ভব তা বিবেচনা করে। এই
টার্মিনেটরের জন্য প্রধান "স্কোর" এবং এতে বর্ণিত হিসাবে গণনা করা হয়
কাগজটি.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: বেসের *আনুমানিক* সংখ্যা
জিনের শেষ এবং টার্মিনেটরের শুরুর মধ্যে জোড়া। এই
বিভিন্ন উপায়ে আনুমানিক: প্রথম, (এবং সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ) TransTermHP
সবসময় আসল জিন শেষ ব্যবহার করে না। আপনার দেওয়া বিকল্পগুলির উপর নির্ভর করে
এটি টারমিনেটরগুলিকে পরিচালনা করার জন্য জিনের প্রান্তগুলিকে কিছুটা ছাঁটাই করতে পারে
আংশিকভাবে জিনের সাথে ওভারল্যাপ। দ্বিতীয়, যেখানে টার্মিনেটর "শুরু হয়"
যে ভাল সংজ্ঞায়িত করা হয় না. এই ক্ষেত্রটি শুধুমাত্র একটি স্যানিটি চেক করার উদ্দেশ্যে করা হয়েছে৷
(টার্মিনেটর জিনের প্রান্তের কাছে সেরা বলে রিপোর্ট করা উচিত নয়
জিনের শেষ থেকে _খুব দূরে)।

ব্যবহার ট্রান্সটারম ছাড়া জিনোম টীকা
TransTermHP শুধুমাত্র 3টি জিনিসের জন্য পরিচিত জিনের তথ্য ব্যবহার করে: (1) পুটেটিভ ট্যাগ করা
টার্মিনেটর হয় "জিনের ভিতরে" বা "ইন্টারজেনিক" হিসাবে (2) পটভূমি নির্বাচন করে GC-
স্কোর গণনা করার জন্য বিষয়বস্তুর শতাংশ, কারণ জিনে প্রায়শই ভিন্ন জিসি বিষয়বস্তু থাকে
আন্তঃজেনিক অঞ্চলের তুলনায়, এবং (3) সামান্য বেশি পাঠযোগ্য আউটপুট উত্পাদন করে। আইটেম (1)
এবং (3) সত্যিই প্রয়োজনীয় নয়, এবং (2) যদি আপনার জিন প্রায় একই থাকে তবে এর কোন প্রভাব নেই
আপনার ইন্টারজেনিক অঞ্চল হিসাবে GC-সামগ্রী।

দুর্ভাগ্যবশত, TransTermHP-এর কাছে এখনও একটি টীকা ছাড়া চালানোর জন্য একটি সহজ বিকল্প নেই
ফাইল (হয় .ptt বা .coords), এবং কমপক্ষে 2টি জিন উপস্থিত থাকতে হবে। সমাধান
জাল, ছোট জিন তৈরি করা যা প্রতিটি ক্রোমোজোমের পাশে থাকে। এটি করতে, একটি fake.coords তৈরি করুন
ফাইল যা শুধুমাত্র এই দুটি লাইন রয়েছে:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

যেখানে L হল ইনপুট সিকোয়েন্সের দৈর্ঘ্য এবং L-1 হল ইনপুটের দৈর্ঘ্যের থেকে 1 কম
ক্রম. .fasta ফাইলে "chrom_id" শব্দটি সরাসরি ">" অনুসরণ করা উচিত৷
আপনার ক্রম ধারণকারী. (যদি, উদাহরণস্বরূপ, আপনার .fasta ফাইলটি ">seq1 দিয়ে শুরু হয়", তাহলে
chrom_id = seq1)।

এটি একটি "জাল" টীকা তৈরি করে যেখানে দুটি 1-বেস-দীর্ঘ জিন একটি অনুক্রমের পাশে থাকে
পুচ্ছ থেকে পুচ্ছ বিন্যাস: --> <--। TransTermHP এর সাথে চালানো যেতে পারে:

transterm -p expterm.dat sequence.fasta fake.coords

যদি আপনার আন্তঃজেনিক অঞ্চলের G/C বিষয়বস্তু আপনার জিনের মতই হয়, তাহলে এটি
টার্মিনেটর প্রাপ্ত স্কোরের উপর খুব বেশি প্রভাব ফেলবে না। অন্য দিকে,
TransTermHP-এর এই ব্যবহারটি মোটেও খুব বেশি পরীক্ষা করা হয়নি, তাই এর জন্য প্রমাণ করা কঠিন
সঠিকতা.

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে 2ndscore ব্যবহার করুন